キャラの撮影とかでIDを直打ちして呼び出すときに起きた問題です。
上級王になるためのmodで追加されたNPC黒のスルガスさんの参照IDはd1041b57でした。このIDを記録しておいて、必要な時に呼び出したりしていましたが、ある時、呼び出せなくなってしまいました。原因を調べたら、IDがd1041b57からd0041b57に変わっていました。
IDの最初の2ケタ目d1はこのmodの読み込みナンバーで、他のmodを入れたり外したりしているうちに、modの読み込みナンバーがd1からd0に変化した為、このような問題が生じました。
当たり前といえば当たり前です。modで導入しているNPCのほか、他のアイテムとかのIDも全部変わるはずです。バニラのキャラやアイテムはこのナンバーが00で、ドーンガードで追加された物は03、ドラゴンボーンで追加された物は05で、読み込みナンバーはまず変わることがありませんが、modで追加したキャラや他のmodを入れたり外したりしているうちに、modの読み込みナンバーかなり大きく変わってしまったりするはずです。
当然のことですが、今まで全く意識してきませんでした。というのも、持っているアイテムとかは参照IDが変わっても変化なく持ち続けているからです。おそらくセーブデータにはmod名と固有のIDで登録されているのだと思いますが、今更ながら、こんなことに気づきました。